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Título : Evaluación de marcadores moleculares para la discriminación de especies de Trichoderma spp. obtenidas de ecosistemas forestales.
Autor : González Mariscal, Dina Anabel
Director(es): Álvarez Romero, Pablo Israel
Tribunal (Tesis): Carpio Coba, Carlos Francisco
Palabras claves : FORESTAL;AMPLIFICACIÓN;SECUENCIACIÓN;TEF1
Fecha de publicación : 3-ago-2022
Editorial : Escuela Superior Politécnica de Chimborazo
Citación : González Mariscal, Dina Anabel. (2022). Evaluación de marcadores moleculares para la discriminación de especies de Trichoderma spp. obtenidas de ecosistemas forestales. Escuela Superior Politécnica de Chimborazo. Riobamba.
Identificador : UDCTFRN;33T00397
Abstract : This study aimed to evaluate the different molecular markers for the discrimination of Trichoderma species obtained from forest ecosystems. 43 strains had to be reactivated, then the mycelium was extracted. The Wizard Genomic DNA Purification (Promega Corporation) kit protocol was followed for the DNA extraction process. Once the DNA was obtained, the PCR processes were performed based on the protocol of Zhou et. It means that for ITrichF/ITrichR (ITS): 96°C for 1:30 minutes, 35 cycles, 96°C for 35 seconds, 53°C for 55 seconds, 72°C for 1:30 minutes, 72°C for 10 minutes. The primers used for the ITS region in the genus Trichoderma were ITricF/ITricR with an approximate size of the PCR products from 103 to 113 bp, for the species the TEF1 gene was used, the primers were EHarF2/EHarR2 for T. harzianum and the primers used for Trichoderma longibrachiatum were T1F/T1R with an approximate size of the PCR products of 253 bp and 452 bp respectively, then the electrophoresis was performed. 7 isolates were chosen to verify whether they amplified according to the species studied and were sent to MACROGEN KOREA, the results were linked to the database of the National Center for Biotechnology Information using the BLAST method. 43 strains were studied, 31 of these ones within the genus Trichoderma. 17 and 12 strains were identified using different molecular markers for T. harzianum and T. longibrachiatum respectively. 100% coverage and identity were obtained of the 7 identified samples. It was concluded that the primers used effectively work for the discrimination of species in Trichoderma. It is recommended to replicate this study using the protocols that worked best in a larger number of isolates.
Resumen : El objetivo del presente estudio fue evaluar los diferentes marcadores moleculares para la discriminación de especies de Trichoderma obtenidas de ecosistemas forestales, por lo que se tuvo que reactivar 43 cepas, luego extraer el micelio. Para el proceso de extracción de ADN se siguió el protocolo del kit de Wizard. Genomic DNA Purification (Promega Corporation), una vez obtenido el ADN se realizó los procesos de PCR tomando como base el protocolo de Zhou et al, 2021 que fue el siguiente: para ITrichF/ITrichR (ITS): 96°C por 1:30 minutos, 35 ciclos, 96°C por 35 segundos, 53°C por 55 segundos, 72°C por 1:30 minutos, 72 °C por 10 minutos. Los primers utilizados fueron: para la región ITS en género Trichoderma fueron ITricF/ITricR con un tamaño aproximado de los productos de PCR de 103 a 113 pb, para especie se utilizó el del gen TEF1, para T. harzianum los primers fueron EHarF2/EHarR2 y para Trichoderma longibrachiatum los primers utilizados fueron T1F/T1R con un tamaño aproximado de los productos de PCR de 253 pb y 452 pb respectivamente, luego se realizó las electroforesis. Se escogió 7 aislados para verificar si amplificaron según la especie estudiada y fueron enviados a MACROGEN COREA, se alinearon los resultados con la base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica mediante la utilización del método BLAST. De las 43 cepas estudiadas se identificaron usando diferentes marcadores moleculares a 31 de estas dentro del género Trichoderma, para T. harzianum y T. longibrachiatum y se identificaron 17 y 12 cepas respectivamente. De las 7 muestras identificadas se obtuvo una cobertura 100% en su mayoría e identidad del 100% . Se concluye que los primers utilizados efectivamente funcionan para la discriminación de especies en Trichoderma. Se recomienda replicar este estudio utilizando los protocolos que mejor funcionaron en un número mayor de aislados.
URI : http://dspace.espoch.edu.ec/handle/123456789/17923
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