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Title: Caracterización fenotípica y genética de clones promisorios de cacao (Theobroma cacao L.) con análisis multivariante procrustes.
Authors: Obregón Ortiz, Gabriela Josselyn
metadata.dc.contributor.advisor: Pazmiño Maji, Rubén Antonio
metadata.dc.contributor.miembrotribunal: Flores Muñoz, Pablo Javier
Keywords: ESTADÍSTICA;ANÁLISIS PROCRUSTES GENERALIZADO (APG);ANÁLISIS MULTIVARIANTE;CACAO (Theobroma Cacao L.);CARACTERIZACIÓN MORFOLÓGICA;MARCADORES MOLECULARES MICROSATÉLITES
Issue Date: Dec-2018
Publisher: Escuela Superior Politécnica de Chimborazo
Citation: Obregón Ortiz, Gabriela Josselyn. (2018). Caracterización fenotípica y genética de clones promisorios de cacao (Theobroma cacao L.) con análisis multivariante procrustes. Escuela Superior Politécnica de Chimborazo. Riobamba.
Series/Report no.: UDCTFC;226T0045
Abstract: Similarities were determined between 26 Criollo-type cacao clones and 4 referential control clones from other genetic groups, with respect to the simultaneous analysis of morphological and molecular characterization variables. Data were collected for 38 morphological variables measured on pods, seeds, leaves and flowers, and for 20 microsatellite molecular markers. From each morphological matrix, a matrix of population distances between clones was obtained, and a similarity matrix was obtained from the molecular matrix. From each distance/similarity matrix the principal coordinates were obtained, each matrix of principal coordinates being a configuration. Based on these, with Generalized Procrustes Analysis, a technique that allows reach consensus on these data, a consensus was obtained between morphological configurations, whose result was compared with another methodology applied on the same data, and finally a consensus between the molecular configuration and the consensus of the morphological configurations (Software: Excel, R, Infostat). Main results: the highest coefficients of molecular similarity were found between: EEB-16 and EEB-21 (0.90), EEB-4 and EEB-10 (0.88), EEB-19 and EEB-25 (0.75), and EEB-2 and EEB-12 (0.73); the 6 highest yield Criollo-type clones were followed up; the morphological consensus was 83.6%, and the final consensus was 94.3%; both, in the molecular configuration and in the final consensus, EEB-23 did not resemble Criollo type clones, being closer to the control representative of the Forastero genetic group and to CCN-51; the other Criollo-type clones formed a separate group from the Forastero, and in general they resembled more the controls of the Nacional and Trinitario genetic groups. The technique was appropriate to process the type of data obtained, so it is recommended to use it in similar studies or in others where it is necessary to analyze different types of variables on the same individuals, simultaneously.
Description: Se determinaron similitudes entre 26 clones de cacao tipo Criollo y 4 clones testigo referenciales de otros grupos genéticos, con respecto al análisis simultáneo de variables de caracterización morfológica y molecular. Los datos se recolectaron para 38 variables morfológicas medidas sobre mazorcas, semillas, hojas y flores, y para 20 marcadores moleculares microsatélites. De cada matriz morfológica se obtuvo una matriz de distancias poblacionales entre clones, y de la matriz molecular se obtuvo una matriz de similaridad. De cada matriz de distancia/similaridad se obtuvieron las coordenadas principales, siendo cada matriz de coordenadas principales una configuración. Partiendo de éstas, con Análisis Procrustes Generalizado, técnica que permite consensuar estos datos, se obtuvo un consenso entre configuraciones morfológicas, cuyo resultado se comparó con otra metodología aplicada sobre los mismos datos, y finalmente un consenso entre la configuración molecular con el consenso de las configuraciones morfológicas (Software: Excel, R, Infostat). Principales resultados: los mayores coeficientes de similitud molecular se dieron entre: EEB-16 y EEB-21 (0.90), EEB-4 y EEB-10 (0.88), EEB-19 y EEB-25 (0.75), y EEB-2 y EEB-12 (0.73); se hizo un seguimiento a los 6 clones tipo Criollo de mayor rendimiento; el consenso morfológico fue de 83.6%, y el consenso final de 94.3%; tanto en la configuración molecular como en el consenso final EEB-23 no se asemejó a los clones tipo Criollo, estando más cercano al testigo representante del grupo genético Forastero y a CCN-51; los demás clones tipo Criollo conformaron un grupo separado del Forastero, y en general se asemejaron más a los testigos de los grupos genéticos Nacional y Trinitario. La técnica fue apropiada para procesar el tipo de datos obtenidos, por lo que se recomienda utilizarla en estudios similares o en otros donde se necesite analizar diferentes tipos de variables sobre los mismos individuos, simultáneamente.
URI: http://dspace.espoch.edu.ec/handle/123456789/9590
Appears in Collections:Tesis Ingeniero en Estadística Informática

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